1.明瞭法旗的意義：
妙乘法旗為紅底、黃色的蓮花、圖案及咒字，其各別的

2.表義：

(1).紅底：紅色於密乘中表西方阿彌陀佛之身色，亦表妙觀察智。蓮師預言上記載，噶當巴德夏　和歷代噶陀祖師是阿彌陀佛及其眷屬之化身，故此傳承之徒眾得阿彌陀佛的加持，自心自在，度化他人。

(2).黃紋：黃色於密乘表南方寶生佛之身色，也表平等性智，意義為所有信眾增長褔德，盛開智慧，以平等心對待一切眾生。

(3).中央噶字：噶為藏文第一字母，表示清淨之本性。依密乘經典所述，噶表本性明的部份，方便及佛父，二圓表本性空的部份，智慧及佛母。故此字為悲智雙運，樂空雙運，經續雙運等意。
噶陀總寺附近地形為噶( )字，石頭上亦自顯噶( )、阿( )及字母，故此傳承稱噶陀。

(4).六瓣蓮花：噶字週圍有六瓣蓮花，表示出污泥而不染，亦表蓮花生大士之化身遍滿六道，法脈源遠流長，遍及全球，大士的後生雖生於末法時期的五濁惡世，外現凡夫相，但其內心證量深廣，不可思議。

(5).咒字：六瓣蓮花上的咒字，為普賢王如來的心咒，大圓滿六十萬續的精要，無修的成就法。在續上說：「見即得視解脫，聽即得聞解脫，配帶身上得觸解，咒風所吹到的有情不墮惡趣，是凡夫度眾的法門。」
在諸佛獨子續上言：「六道解脫法界金剛咒為一切諸佛菩薩之心咒，有情自然解脫之密咒，故功德殊勝，學密者必誦之咒語。」

(6).光芒：蓮花周圍的光芒，表佛光普照，度化有情，九乘妙法，弘揚十方，諸佛慈悲，不捨眾生，以明亮智慧之光，驅散眾生之無明。